La compensation écologique, inscrite dans l'article 69 de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016, intervient lorsque des dommages à la biodiversité ne peuvent être totalement évités. Elle vise à garantir une absence de perte nette ou même à obtenir un gain en biodiversité. Ceci implique une obligation de résultat durable face à ces dommages. La compensation est structurée autour de principes clés comme la pérennité, la temporalité, la proximité et l'atteinte de l'équivalence écologique. La surveillance de la non-perte nette est assurée par des rapports réguliers soumis aux services de l'État.

Dès la phase de conception, les projets doivent intégrer des considérations environnementales, englobant habitats naturels, faune, flore, zones humides et cours d'eau. Anticiper ces éléments permet d'identifier les approches les moins nuisibles et de prioriser les enjeux environnementaux du projet. Il incombe au maître d'ouvrage de définir des mesures d'évitement et de réduction appropriées. Si mal planifiée, la compensation écologique peut influencer considérablement le bilan financier d'un projet. Une bonne intégration dès le départ assure la conformité du projet de sa conception à sa réalisation.